東漢末年、三國時期 189-280
189年漢靈帝死後，漢少帝劉辯即位。外戚何進官拜大將軍，掌控朝廷，他打算剷除十常侍（靈帝時期操弄政權的張讓、趙忠等十二位宦官）勢力。士大夫領袖袁紹建議讓擁兵自重的西北軍閥董卓進京，何進同意了袁紹建議。
但當董卓的武力到達雒陽時，宦官先下手為強，殺掉了何進。袁紹聞訊立即率軍攻入皇宮，對宦官進行屠殺。結果是外戚和宦官的勢力同歸於盡，戚宦之爭終於結束。而董卓則控制了朝廷。
東漢傀儡政權 189-220
董卓掌權後，廢漢少帝，改立只有8歲的陳留王劉協為漢獻帝，實行恐怖統治。又招攬呂布，吞併了附近軍閥兵力。關東各地方群雄以討董為名起兵，推舉袁紹為盟主。雖然曹操及孫堅參戰，但其他軍隊只駐軍不加援助，190年董卓放棄並焚毀雒陽，經營多年的京師雒陽城毀於一旦。
「受命於天，既壽永昌，方圜四寸，上紐交五龍，上一角缺。初，黃門張讓等作亂，劫天子出奔，左右分散，掌璽者以投井中。」《吳書》
這段記載出自《吳書》，說的是董卓遷都長安，孫堅收復雒陽後，在城南一口井中發現了傳國玉璽，而玉璽之所以會在井中，或許是因為189年宦官張讓裹挾漢少帝逃出皇宮時（十常侍之亂）把玉璽扔在了井裏。
191年董卓挾天子遷都長安，關東諸盟軍起了內訌並決裂，形成群雄割據的局面。從此時年9歲的漢獻帝開始了他作為傀儡皇帝的漫長生涯。
192年司徒王允設反間計，挑撥大將呂布殺死董卓。在《三國演義》，呂布與董卓關係變得惡劣是因為受到王允所命的美人貂蟬所挑撥。可是，在正史之中並未有關於「貂蟬」的記載，只有呂布和董卓侍婢私通的紀錄而已。
但是董卓屬下很快率兵攻破長安，擊敗呂布，殺害王允，暴政比董卓專權時更甚。漢獻帝被迫逃出長安，回到雒陽。而雒陽已是一片廢墟，地方早已是群雄割據，形成以袁紹、袁術為首的兩大陣營群雄相互爭戰局面。漢獻帝陷入流離失所的處境，最終在建安元年（196年）被曹操挾持至許縣（今河南許昌）。
曹操（155－220年）出身宦官家族，其父親官至太尉，是大宦官曹騰的養子。漢桓帝時曹操封為費亭侯。184年由於鎮壓黃巾軍有功，升任濟南相。
曹操挾天子以令諸侯，架空漢室權力，消滅各路割據勢力，並於建安五年（200年）官渡之戰中消滅了最強大的敵人袁紹軍隊的主力，基本統一了北方。在建安年間（196－220年），漢獻帝繼續是一個傀儡皇帝，朝廷大權掌握在曹操手中。
孫權（182－252年），吳郡富春（今浙江富陽）人。東漢末年，孫權父親孫堅為漢末名將，兄長孫策則在群雄割據中打下江東基業。建安五年，時任會稽太守的孫策遇刺客殺害身亡，十九歲的孫權接替其位，東漢朝廷冊封他為討虜將軍，兼領會稽太守。之後孫權逐步掌控江東地區。
劉備（161－223年），自稱漢景帝第九子中山靖王劉勝之子劉貞的後代。黃巾之亂爆發時，劉備率領關羽、張飛及一千下屬跟隨鄒靖討伐黃巾軍，立下戰功。建安元年（196年）袁術來攻徐州，劉備抵抗袁軍。曹操上表朝廷，劉備封為宜城亭侯。200年劉備反曹事跡敗露，207年三顧草盧請諸葛亮加入，得出隆中對戰略方針。
三分天下形成 208-220
208年，時劉備屯於樊城（今湖北襄陽），八月荊州牧劉表病卒，子劉琮繼任，遣使曹操舉州投降。諸葛亮游說劉備直接進攻劉琮來佔有荊州。十月，曹操揮軍南征荊州，卻在赤壁之戰（長江赤壁，今湖北蒲圻西北）中被孫權、劉備聯軍擊敗，曹操退回北方。
215年漢中張魯投降曹操，曹操很看重他，封閬中侯遷還中原，魏晉之後五斗米道一部分開始傳播於士族與官吏中，另一部分仍秘密活動於農民中。
之後劉備以荊州為根本，進占益州（今四川盆地）和漢中盆地，曹劉孫三分天下之勢開始形成。
219年曹操回師洛陽。同年劉備大將關羽北伐樊城，被曹操、孫權聯軍擊敗。十二月孫權奪荊州，殺關羽，傳首洛陽。
曹操以王侯之禮葬關羽首於洛陽城南（今偃師市關莊村），自此祭祀不絕。今洛陽市洛龍區有明代所建衣冠冢關林，殿宇廊廡150餘間，是海內外關公信仰的主要祭祀場所之一。
220年曹操去世，其世子曹丕繼任漢丞相，襲封魏王。同年十一月，曹丕迫漢獻帝禪讓帝位，建立「曹魏」，定都洛陽。漢獻帝被降封山陽公，東漢結束。
魏文帝曹丕複建洛陽宮，於東漢北宮舊址上營建。之後魏明帝曹叡在魏文帝營建的基礎上大規模興建宮殿區，恢復了皇都氣派。
221年劉備隨即在成都稱帝宣布繼承漢朝法統，建立了沿用「漢」國號的政權，史稱蜀漢。
曹丕冊封孫權為吳王，據有揚州、荊州及交州的孫權雖向魏稱臣，內政外交皆自主。
三國時期 220-280
劉備稱帝三個月後，以替關羽報仇為由，揮兵東征東吳，但在222年的夷陵之戰失敗，並於223年病死於白帝城永安宮。劉備臨終前，託孤於丞相諸葛亮扶助太子劉禪繼位。
諸葛亮立即與東吳修好，恢復了聯吳抗曹的政策，雙方從此再無互相爭戰。225年諸葛亮平定南中（今四川大渡河以南和雲南、貴州兩省）多郡的叛亂，並利用懷柔政策降服「南中」大王孟獲和少數民族部落勢力，解決蜀漢的後方問題。成都的農業、鹽業和織錦業在這一時期得到較大發展。
226年曹丕去世後，229年孫權稱帝建立孫吳，將都城遷至建業（今南京）。
234年，諸葛亮於第五次北伐中病故於五丈原，之後劉禪開始自攝國政，而大將姜維在247年至262年不斷的北伐，使得蜀漢力量日漸消耗。
曹魏朝廷在249年高平陵事件後完全被司馬氏（司馬懿和他的兒子司馬師, 司馬昭）一手掌控。此後曹氏皇帝皆淪為司馬家的傀儡皇帝。
260年魏帝曹髦憤慨說道：「司馬昭之心，路人皆知也！」並且率領宮人三百餘人討伐，結果是遭到司馬昭派兵入宮鎮壓，曹髦慘死。
263年司馬昭為建立軍功準備篡位，發動魏滅蜀之戰，蜀漢亡。劉禪移居洛陽，封為安樂公。司馬昭設宴款待劉禪時演奏蜀樂，蜀漢舊臣們想起亡國之痛，掩面低頭流淚，獨劉禪怡然自若，不為悲傷。
司馬昭問劉禪：「安樂公是否思念蜀地？」劉禪答道：「此間樂，不思蜀也。」
265年司馬昭病死，其子司馬炎廢魏元帝自立，國號晉，史稱西晉。魏元帝被降封陳留王，曹魏亡。之後晉發動晉滅吳之戰，吳後主被封歸命侯，司馬炎於280年統一天下。
元末明初，羅貫中綜合民間傳說和戲曲、話本，結合陳壽《三國志》史料，根據他對社會人生的體悟，創作了《三國演義》，是中國第一部歷史章回小說。故事背景由184年東漢末年黃巾之亂開始，至280年西晉統一，而書中亦刻畫了近二百個人物形象，出現了劉備、關羽、張飛、諸葛亮、曹操、孫策等英雄人物。
陳壽（233-297年），巴西郡安漢縣（今四川南充市）人，蜀漢至西晉時期的歷史學者，在蜀漢曾任觀閣令史，亡國後被徵入洛陽，仕於西晉。在此期間，陳壽編撰了《蜀相諸葛亮集》上奏朝廷，因此功而任著作郎。陳壽之後依據已有的《魏書》、《吳書》; 致力於編寫魏吳蜀的歷史; 遂成《三國志》，在當時即為人稱頌。
西晉統一、五胡亂華、東晉偏安 265-439
晉朝的開國君主司馬炎出身於河內郡（今河南北部）司馬氏（西楚殷王司馬卬的後代）的士族。祖父司馬懿乃曹魏的大將軍、丞相。士族指自漢朝至唐朝，世代為高官的士大夫階層及官僚家族。
門閥士族
漢武帝罷黜百家，獨尊儒術，從那時開始，"士"人入朝為官，漸漸發展家族財勢，盤根錯雜。至東漢時逐漸形成了累世公卿的狀況，他們組成了一個又一個以宗族為紐帶的貴族集團 : 門閥。
門閥興盛於三國兩晉，這段時間的人才選拔制度，以家族和人際交情作為提拔的參考，這也導致了寒門子弟即使有才有德，也難以進入國家權力的中心。
這個時期中原有五支士族最為尊貴。即隴西李氏（今甘肅南部天水）、清河崔氏（今河北清河縣及山東武城縣）、範陽盧氏（今保定市和北京市一帶）、滎陽鄭氏（今河南鄭州）、太原王氏（今山西太原）:
曹操採用了「唯才是舉令」任用有才學有能力的人，是最早打破了世家門閥對人才和官位的壟斷。但他的兒子曹丕推行了陳群的「九品中正制」，讓人才能力的評定重新回到門閥手中。選拔官員只看家世出身，形成了上品無寒門，下品無士族的詭異局面。這些士族又互相透過聯姻彼此扶持，形成了一套完善的門閥特權制度。
縱觀整個三國時期，其實就是一場門閥士族的爭霸史，曹操出身官宦世家，劉備貴為皇族，袁紹更是四世三公，江東的孫氏則代表了江東門閥，最後由司馬氏在爭霸中勝出，建立晉朝。
西晉統一、五胡南遷 265-290
265年司馬炎逼魏元帝禪位，為晉武帝。自184年爆發黃巾之亂開始，中原地區進入長期的災荒和戰爭頻繁的禍亂時期，全國人口數量與分佈發生重大變化。黃河流域人口或外遷避難或死亡，直至晉武帝太康元年（280年）統一全國。
《晉書·食貨志》說：「平吳之後，天下無事，賦稅平均，人咸安其業而樂其事」。中原出現一片繁榮景象，史稱「太康之治」。但和平穩定的局面只維持了短短的十幾年。
漢光武帝期間，匈奴八部族人南下依附東漢稱臣，被安置在河套地區，稱為南匈奴。至東漢末期時，南匈奴入多放棄遊牧，改採農業定居方式。他們被編戶，除了繳稅之外，還要為漢朝服兵役。
羯人的祖先可能是留在原居地（甘肅及青海的祁連山西北麓一帶），附屬於匈奴的小月氏人。相比黃種人佔多數的匈奴，羯族則是中原歷史上少見的白種人遊牧族群。
東周春秋戰國時期，秦國不斷兼併今陝西、甘肅一帶的羌人西戎諸國，被秦國統治的羌人逐漸與秦人融合。其餘羌人則向西南遷移到今青海、四川一帶。
氐人主要活動於今陝西、甘肅、四川三省的交界地區。一說氐族與羌族同源。
曹魏初年，鮮卑分為三大支部: 東部（段部、慕容部、宇文部）; 北部（拓跋部、拓跋部的別支柔然）; 西部（乞伏部、禿髮部）。
慕容部首領慕容涉歸將根據地遷至遼東郡（今遼寧遼陽市北），開始漢化。魏明帝景初年間（238年）開始，慕容涉歸和他的兒子慕容廆先後歸附曹魏、晉二朝，多次協助曹魏、晉軍隊出征作戰建立功勳，受封「大單于」。
而拓跋部原遊牧於雲中（今內蒙古托克托東北）一帶。曹魏甘露三年（258年）拓跋力微徙居盛樂（今內蒙古和林格爾北），召集諸部，確立在部落中的大酋長地位。
曹魏將南匈奴、羯、氏、鮮卑、羌等各少數民族內徙，入居關中及涇水、渭水流域，對洛陽形成包圍之勢。216年曹操將南匈奴分成五部，即左、右、南、北、中，分別安置在陝西、山西、河北一帶。
這些外族本身都是被世家大族收作奴婢（後趙的羯人石勒為例子），逐漸成為漢人管轄下的編戶，他們經常受漢官欺壓。由於遷入人口數目相當多，這些外族形成割據勢力。
劉淵（約252-310年），新興（今山西忻州）人，出身匈奴屠各部，南匈奴單于於夫羅之孫，左賢王劉豹之子。由於長期和漢人混居，南匈奴人也逐步漢化，至少從姓名來看已與漢人無異，例如劉淵家族就自認為是冒頓單于和漢朝公主的後代，把姓氏改成了漢朝的國姓-「劉」。
曹魏末年，劉淵到洛陽作人質，受到當時權臣司馬昭厚待。西晉初年，劉淵繼續住在洛陽，晉武帝司馬炎亦對他十分欣賞。這時涼州（今甘肅及寧夏、青海東北），并州（今山西太原、大同和河北保定）和關中一帶，大量胡族與漢族雜住。
八王之亂、五胡亂華 291-316
290年太子司馬衷嗣位為晉惠帝。惠帝甚愚，無法擔當治國重任，曾發生了「何不食肉糜？」的故事。晉武帝臨終命其岳父楊駿輔政。惠帝皇后賈南風有干政野心，與宗室楚王司馬瑋和謀，於元康元年（291年）發動政變殺楊駿及其家屬親黨，以輩份較高的宗室汝南王司馬亮輔政。不久，賈后唆使楚王殺汝南王。
291至306年，洛陽就是這樣上演了血腥的「八王之亂」，捲入政變和內戰的主要有汝南、楚、趙、齊、成都、河間、長沙和東海八位宗王。當時天下蝗災，外族叛變，北邊五胡（指匈奴、鮮卑、羯、羌、氐五個胡人部落）趁晉朝八王之亂期間衰弱之際，奪取中原北方領地，史稱「五胡亂華」。
301年巴氐族領袖李特在蜀郡地領導西北難民反抗西晉的統治。304年成都王司馬穎遭攻打，司馬穎讓劉淵回并州，領五部匈奴來援。但是劉淵回到并州並繼位為大單于後，司馬穎已敗亡。
304年劉淵自稱繼承漢朝正統，稱「漢王」，並追尊蜀漢後主劉禪為孝懷皇帝。劉淵稱王後派劉曜先後攻陷太原、泫氏、屯留等地方，擴闊領土。
同時石勒、王彌等地方政權都相繼歸降劉淵。308年劉淵於平陽（今山西臨汾）稱帝，史稱「趙漢」。
306年八王之亂後，東海王司馬越掌握朝權，但晉朝已經元氣大傷，中原很多領地被胡族陸續攻佔，最後只剩下長安、洛陽這些地方，大量百姓與世族開始南渡。
永嘉五年（311年）東海王準備放棄洛陽，帶領軍隊和家人離開此地的時候，他卻在憂懼之中於項縣去世。趙漢大將羯族石勒所率騎兵追至苦縣寧平城，把晉軍四面圍困，石勒將這支晉朝中央軍隊共十多萬人盡數殺害，晉廷遂再無力量抵抗外族政權。
同年四月，劉淵子劉聰趁洛陽空虛，遣劉曜及王彌率兵進攻，六月攻破洛陽，在皇宮中大肆搜掠，留在洛陽的王公大臣和平民計有三萬多人被殺。劉曜將洛陽皇宮焚毀，遷晉懷帝、傳國玉璽連同一些晉臣北歸平陽。洛陽第一次遭毀滅性破壞，史稱「永嘉之禍」。
晉懷帝於洛陽被俘之後吳王司馬鄴被護送下逃入長安。313年晉懷帝於平陽遇害之後，司馬鄴於長安即帝位為晉愍帝。316年匈奴劉曜發兵攻打長安城，晉愍帝在食斷糧絕的情況之下投降漢趙，西晉亡。
這時中原北方戰火紛飛，掠奪與屠殺不斷。尤其是前趙和後趙時期的數十年裡（311－351年）。後趙石勒子石虎非常殘暴，335年遷都鄴城，發男女16萬，運土築華林苑及長牆於鄴北；又驅漢丁40餘萬營洛陽、長安二宮。從長安、洛陽到鄴城，數萬反抗將士的屍體被棄之荒野餵獸，北方漢人銳減，造成赤地千里的景象。
這樣迫使漢人量向南遷徙到長江中下遊、珠江及中國東南部。進一步增進了南方的百越、三苗族裔與中原漢族的融合。
同時，由於佔據東北的鮮卑慕容氏接受東晉封號，並實行安置流民、設置僑郡等政策，使黃河中下遊不少漢人舉族遷往遼東和遼西；而在西北，涼州（今甘肅武威）刺史張軌（漢人）也招致人數不少的漢人西遷，令今甘肅和青海東部的漢人數量大為增長。
五胡十六國時期 304-439
這時期「五胡」在中原建立多個政權，以北魏史學家崔鴻以其中十六個國家撰寫《十六國春秋》，史稱「五胡十六國」時期 :
趙漢，成漢，前涼，前趙，後趙
304年建立的「趙漢」成為第一個胡人在中原的政權。306年李特子李雄於成都稱帝，史稱「成漢」。
在張氏數代經營下，涼州總共享受了約六十年的和平。316年西晉滅亡後，張軌子仍然據守涼州，成為割據政權，史稱「前涼」。
318年劉聰死，匈奴貴族靳準殺死太子劉粲奪權，在平陽的劉氏男女不分老少全部被殺。鎮守長安的劉聰族弟劉曜得知平陽有變，自立為皇帝，派遣軍隊至平陽，族滅靳氏。
與此同時石勒亦以討伐靳準為名，率軍至平陽，平陽、洛陽以東的地區，皆落入石勒勢力之中。319年劉曜改國號「漢」為「趙」，遷都長安，史稱「前趙」。石勒在襄國亦自稱趙王，史稱「後趙」。
石勒在位期間（319-333年）開拓疆土，329年滅前趙，佔有除遼東、河西以外的北方。後趙前期仍採取胡漢分治政策，但注意籠絡漢族士族，推行儒家教育。
但其從子石虎非常殘暴，荒淫無度。349年石虎卒，其子為爭帝位互相殘殺。
351年石虎養孫石閔（漢族，後改名冉閔）奪取政權，國號魏，史稱「冉魏」。冉閔發佈了《屠胡令》，漢人在冉閔的率領下，見到羯族人就殺（也比較好識別，因為羯族人有白人血統）。
352年鮮卑慕容部圍兵鄴都時，冉魏政權曾乞東晉救援，交玉璽給晉安西將軍謝尚送至建康。至此傳國玉璽歷四十二年而復歸於晉。到了354年冉魏被滅時，羯族人已經被滅了大半，剩下的成為了鮮卑人的僱傭兵。
代國，前燕，前秦
鮮卑拓跋什翼犍曾為質子在後趙都襄國（今河北邢台）生活多年，深受漢文化影響。338年即代王位，置百官，制法律，由部落聯盟轉變為國家形式。340年定都雲中盛樂城。
337年慕容廆之子慕容皝稱燕王，史稱「前燕」。342年遷都龍城（今遼寧朝陽市），東破高句麗及鮮卑宇文部。354年慕容皝子慕容儁攻滅冉魏遷都鄴城。前燕當時與前秦，東晉鼎足三分。
350年氐族人苻洪佔據關中，稱秦王。352年苻健於長安稱帝，史稱「前秦」。369年前燕內戰，慕容皝子慕容垂投奔前秦。苻健子苻堅趁勢派王猛、慕容垂率軍於隔年成功滅前燕，取得關東地區。隨後376年滅代國及前涼。
前秦統一北方後，苻堅有意一統天下，開始入侵東晉。鮮卑慕容垂與羌將姚萇皆盡力支持苻堅，但王猛與苻融等氐族大臣則強烈反對。
苻堅為了延請鳩摩羅什入中土，於382年派氐將呂光領兵七萬出西域，伐龜茲（今新疆庫車縣）。383年呂光西定西域，俘獲鳩摩羅什，這是自東漢之後再度佔據西域。
鳩摩羅什（343-413年），西域龜茲人，祖籍原是天竺人，出身婆羅門族。鳩摩羅什在龜茲二十多年，廣習大乘經論，名聲大振。
383年苻堅仍一意孤行，率舉國之師兵分三路南征東晉。於淝水（今安徽壽縣東南）交戰，但最終東晉僅以八萬軍力大勝八十餘萬前秦軍。秦軍全面崩潰，苻堅中箭，孤身北返，史稱「淝水之戰」。
後秦、西秦、後燕、西燕、北魏、後涼、大夏
由於前秦的主力在前方，京師兵力不足，關中的鮮卑、羌等族在得知前秦大敗後紛紛獨立。至此前秦崩潰。
淝水之戰隔年（384年），慕容垂於河北復國，史稱「後燕」；慕容儁子慕容泓於山西建國「西燕」。
第二年（385年）西燕軍攻陷長安，苻堅最後被前秦羌將姚萇所殺，姚萇自立建國「後秦」。鎮守前秦勇士川（今甘肅榆中）的鮮卑將乞伏國仁自立建國「西秦」。
第三年（386年）鮮卑代王拓跋什翼犍之孫拓跋珪舉兵復國，都盛樂（今內蒙古呼和浩特市），改國號為魏，史稱「北魏」。
呂光回長安的路途中得知長安已被攻陷，389年於涼州稱涼王，史稱「後涼」。鳩摩羅什被呂光軟禁在涼州達十多年。
401年後秦打敗後涼，是年十二月把鳩摩羅什迎請到了長安，後秦以國師之禮待之，信徒數千人。同年匈奴支系盧水胡族的首領沮渠蒙遜於張掖建立「北涼」。
此後十年間，鳩摩羅什在長安潛心鑽研佛學，將梵文經卷譯成漢文，譯著包括《金剛般若波羅蜜經》、《中論》、《大智度論》、《妙法蓮華經》等等。鳩摩羅什的梵文水平極高，來自龜茲，懂西域其他的一些語言，他在涼州十多年還學會了漢語，是最佳的翻譯人才。
407年匈奴鐵弗部人赫連勃勃決意背叛後秦，在高平川（今寧夏南清水河）襲殺後秦高平公，併吞其部眾。赫連勃勃以匈奴是夏後氏後裔，建國號「大夏」。418年乘東晉滅後秦，赫連勃勃乘虛輕取長安，在霸上（今西安東）即帝位，國勢更強。
東晉偏安 317-420
317年，晉朝宗室司馬睿在士族的擁護下於建康（今江蘇南京，西晉避司馬鄴諱，改建業名為建康）稱帝，史稱「東晉」，和北方的五胡政權對峙。
但整個東晉朝廷都由士族把持，最先的瑯琊王氏的勢力足以與司馬氏共分天下，形成了「王與馬，公天下」的局面。之後還有譙國桓氏的桓溫、陳郡謝氏的謝安、謝玄等。
曹魏西晉承襲東漢時期，以「洛語」為國語。司馬睿於建康稱帝，中原雅音南移，洛語與中古吳語結合形成「金陵雅音」，又稱「吳音」，為東晉國語。
311年洛陽傾覆以後，中原世族（僑姓士族）陸續南遷，形成和南方世族（吳姓士族）聚居的局面。
東晉和之後的南朝（317-589年）期間作為中原標準語的官話分為南北兩支。以晉代中原雅音為基礎的金陵雅音（江淮官話的形成），成為長期的雅言。
北方大族遷徙江南，給南方帶來了先進的生產技術。南下的北方農民和土著農民開闢南方廣大的山澤荒野，江南獲得全面發展而繁榮興盛，中國的經濟中心也逐漸南移，後來才有大運河的出現。
當時東晉皇室和僑姓士族均把江南當作人間樂土，桓溫（因領兵消滅成漢而聲名大盛，又曾三次領導北伐）反對「永結根於南垂，廢神州於龍漠」的苟且偷安，請求還都洛陽，但上表至十數次均不得批准。
有大臣認為還都洛陽「捨安樂之國，適習亂之鄉」。吳姓士族受朝廷重用，也不希望皇室北還。
漢代以前，政治主權在華夏族。漢代以後，政治主權不全在華夏族，而他族或以征服華夏族者而同化，邊疆民族帶來的草原遊牧文化也融於中原文化。時天下大亂，士族文人多不以道義為重，儒學中衰。儒學與傳入之佛教交匯，逐漸轉變為「儒釋道」融合之狀況。
383年，前秦出動舉國之師，意圖滅亡東晉。面對亡國之禍，東晉君臣一心，憑藉淝水決戰奠定勝局。謝玄等將領乘勝追擊，成功的收復大批失土，致使前秦崩解，引發了北方政治格局的變化。然而，東晉後期又發生朋黨相爭及桓玄作亂。
桓玄為桓溫之子，400年開始佔據荊江廣大土地，後更掌握朝權。404年桓玄篡位建立桓楚，桓玄篡位以後，驕奢荒侈，夜以繼日地遊樂。百姓更因而疲憊困苦，民心思變。東晉將領劉裕起兵聲討，殺桓玄，恢復東晉的統治。
但劉裕自己有奪位的野心，終在420年廢晉帝自立，改國號為宋，史稱「劉宋」。
北魏統一華北 398-460
北魏立國後，398年拓跋珪率軍攻破後燕首都，遷都至平城（今山西大同）稱道武帝。經過拓跋圭、拓跋嗣及拓跋燾的經營，最後太武帝拓跋燾於431年攻滅夏國，439年攻滅北涼後統一華北。
北涼沮渠無諱西行至高昌（今新疆吐魯番市），建立「北涼高昌」。460年北涼高昌為柔然所攻滅，十六國時期結束。柔然立闞伯周為高昌王，為高昌建國之始。
高昌是漢人在西域建立的一個佛教國家，位於古往今來絲綢之路的交通要道上。西漢時，漢武帝派大將李廣利去大宛國取汗血寶馬，沒想到李廣利因軍隊長途跋涉，所過諸城皆閉不給食，攻之不下。士卒逃、死者十之六七。李廣利被迫撤兵，回到敦煌。漢武帝聞後大怒，下令不許漢軍東返，進玉門關者殺！
走投無路的李廣利，撤到今新疆吐魯番之後，突然發現這裡氣候宜人，又有天山雪水，當即決定讓軍隊中老弱病殘留下來屯田。經過若干年的發展，這裡人口不斷增加，成為高昌國第一批開國子民。高昌這個名字正是來源於這裡的「地勢高敞，人庶昌盛」。
同一時期，歐洲的羅馬帝國也在經歷被阿提拉大單于（Attila，434-453年在位）領導下的匈人（ Huns） 和其他日耳曼「蠻族」（ Germanic Tribes）大舉入侵。但是453年阿提拉突然死在新婚之夜，其匈人帝國在瞬間瓦解崩潰了。
454年東哥特人組成日耳曼聯軍，在今匈牙利平原打敗了匈人，匈人被迫又退回了南俄羅斯草原，伏爾加河、頓河之間定居。同樣460年之後，匈人逐漸沉寂了下去，直至被歷史徹底遺忘。
之後在高昌出現張氏高昌、馬氏高昌及麴氏高昌（460-640年)。匈奴也在這期間融入各民族之中，五胡十六國成為匈奴在中原歷史舞臺上的最後一場演出。夏國都城統萬城（今陝西靖邊北白城子）是匈奴在中原地區留下的唯一一座都城遺址。
南北朝時期 420-589
之後南北兩勢開始長時間對立，北朝（439-581年）包含北魏、東魏、西魏、北齊和北周等五朝；南朝（420-589年）包含宋、齊、梁、陳等四朝。這時期稱南北朝時期。
由五胡亂華到南北朝時期（304-589年）便出現了漢族與其他少數民族雜居的情況。也是這個時期，「漢」成為這個民族的穩定的族稱。「漢人」是北方的「五胡」統治者對所統治的中原居民的統稱。如東魏時高歡曾說 :「今以吾為主，當與前異，不得欺漢兒」，「漢兒」在這裡顯然有了民族上的意義。
這個時期進入漢族地區的鮮卑各部及羯、氐等民族在隋唐時期（589-907年）也融入漢族。有一種說法，認為今天主要分佈在遼寧，黑龍江和新疆的錫伯族為鮮卑後裔，「錫伯」是「鮮卑」的轉音，錫伯族由鮮卑人留在北方沒有南下、沒有與漢族融合的一支發展而來。
而此刻在中國東北，高句麗已經成為一個統一的國家。
高句麗 前37-491
據《好太王碑》、《三國史記》和多部中國《二十四史》記載，公元前37年扶餘王子高朱蒙，南下在卒本川（學術界大都認為今遼寧省桓仁縣）建立高句麗。建國後高句麗迅速擴張，高句麗武力驅逐了肅慎，前34年高句麗定都紇升骨城，前28年滅北沃沮。
12年，王莽強行將高句麗人編入遼西郡進攻匈奴等民族。王莽並改高句麗為「下句麗」。14年，西伐居住在今太子河流域的梁貊，進而襲取了西漢玄菟郡的高句麗縣。
37年攻克鴨綠江以南的漢樂浪郡，後又先後滅蓋馬、句茶等國。44年光武帝派兵渡海收復樂浪，使高句麗擴張受挫。
56年，高句麗吞併東沃沮，後又吞併東濊一部分領土。高句麗在這時期也開始接受其周邊國家的朝貢，也「遣使如漢」。與此同時，高句麗對樂浪郡、玄菟郡和遼東多次發動攻勢，意圖完全擺脫漢朝的控制。118年聯合濊貊攻打玄菟郡華麗城。121年合鮮卑共八千人攻遼東。
197年，高句麗內亂。高句麗山上王兄投奔遼東公孫度後攻打高句麗。迫於遼東軍事壓力，209年山上王將都城遷移丸都城（今吉林集安市）。
魏明帝景初二年（238年），曹魏太尉司馬懿滅公孫淵，設高句麗、高顯、遼陽、望平四縣於玄菟郡。正始七年（246年），幽州刺吏毌丘儉破高句麗，東川王敗走。魏軍進一步追擊。但東川王在保衛下得以隱匿。次年，東川王修建平壤城。
曹魏的毌丘儉焚燒了丸都城後以為高句麗滅亡了，所以很快就撤離。70年後，高句麗重建了舊丸都城，隨著高句麗對遼東半島的挺進，313年高句麗美川王侵略原漢四郡的最後一郡樂浪郡。高句麗在朝鮮半島北部處於強勢。
342年前燕慕容皝侵入高句麗，虜走了高句驪百姓五萬多口，並將新丸都城再次夷為平地。343年（東晉咸康八年），高句驪重修由於前燕東征而被摧毀的新丸都城。
《好太王碑》 在今天吉林省集安市（今中國朝鮮邊境，當時的丸都城） 附近出土。好太王時期（公元374-412年）高句麗在朝鮮半島的面積已達到半島面積的一半，北部包括今中國遼東半島部分。
公元427年好太王兒子長壽王為躲避北魏的威脅，以及鞏固在朝鮮半島上的勢力，都城再遷至平壤城。長壽王（公元413-491年）延續了其父的擴張政策，於475年攻破百濟首都漢山城，併吞漢江流域，他又吞併了一些扶餘，靺鞨和契丹部落；與北魏交鋒。高句麗在6世紀達到鼎盛。
鮮卑拓跋部入主中原 439-534
北魏拓跋氏自稱黃帝後裔，黃帝發源地為戰國時魏國所在。由於曾在曹魏時期被封代王，故此拓跋珪建國時稱國號為「魏」，就是為了與周代的魏國和三國時代的曹魏政權接上情緣。
十六國時期，鳩摩羅什、佛陀跋陀羅等佛教翻譯家來華傳教使得佛教得到大力弘揚。鮮卑族拓跋部落入主中原後，承中原佛法之事，接受了佛教。太武帝繼位之初也是如此，每引高德沙門，與共談論。
太武帝後因受道士寇謙之等的影響，轉奉道教。寇謙之（365-448年）對天師道進行了重大改革，是北天師道的代表人物。太武帝非常尊崇改革後的天師道，特地在平城建立道壇，供寇謙之及其弟子使用。
440年太武帝遵從寇謙之的建議，改元為太平真君。自太平真君七年（446年）至452年拓跋燾駕崩期間, 太武帝推行一系列排斥佛教的政策。之後太武帝太孫拓跋濬繼位為文成帝，詔復佛法，佛教又得以恢復。
北朝胡族缺乏政治的經驗，所以重用漢人世族，引起雙方的文化采借，久之形成文化混合，以孝文帝的漢化運動最盛。471年，年僅5歲的孝文帝拓跋宏即位，祖母馮太后攝政。馮太后是胡化漢人，拓跋宏深受漢文化影響。
490年孝文帝親政，孝文帝傾慕漢文化，認為鮮卑人應該要深入漢化，他於493年假借南征南朝齊名義，率眾南遷洛陽。遷都洛陽後，在洛陽城南的伊闕開鑿龍門石窟，其中古陽洞、賓陽洞、蓮花洞等都是北魏石窟的代表作。
孝文帝在遷都後的三年間推動漢化運動，全用漢官官制、禁胡服胡語、推廣教育、改姓氏（包括改拓拔氏為元氏）並和漢人世族通婚、禁止歸葬及度量衡採漢制。
孝文帝也十分重視漢人士族，集中在範陽盧氏、清河崔氏、潁陽鄭氏、太原王氏和隴西李氏，他欽定了這漢人"五姓"跟自己結親家。
漢化運動為南遷的鮮卑人提升文化素質，但使得留在北方六鎮的鮮卑貴族由於不願南遷，逐漸不受洛陽朝廷重視而失勢，這使得北魏內部分裂成鮮卑化與漢化兩大集團，成為日後六鎮之亂（523-526年）的原因之一。
北魏立國之初便常年受到北方柔然部落的南下侵擾，對北魏的邊疆造成極大的威脅。因此北魏在都城平城以北，陸續設置軍鎮，其中以沃野鎮、懷朔鎮、武川鎮、撫冥鎮、柔玄鎮、懷荒鎮六個軍鎮最為重要。
最後以鎮守晉陽（今山西太原）的爾朱榮借鎮壓六鎮之亂，控制六鎮之軍，迅速壯大了其軍事力量。528年後，爾朱榮和之後的高歡相繼控制北魏朝政，在晉陽城內築大丞相府，晉陽取代洛陽成為北魏實際政治中心。
此後數十年，中原風雲人物幾乎全部是爾朱榮挑選的六鎮將領。
北魏分裂、東西魏對峙 534—550
530年孝莊帝伏兵明光殿殺掉爾朱榮，爾朱榮的侄子爾朱兆由并州出兵洛陽，殺死孝莊帝，立節閔帝。同年爾朱榮將領高歡收納了爾朱榮軍隊二十餘萬人，進佔冀州，並在532年擊敗爾朱兆並攻下洛陽後，另立孝武帝。
孝武帝為其所制，有意聯合關中鎮將賀拔岳，宇文泰對付高歡。高歡先發制人，於534年殺賀拔岳。孝武帝逃入長安投奔宇文泰，並與高歡決裂。
高歡追之不及，改立東魏孝靜帝，遷都鄴城。孝武帝西奔後不久被殺，宇文泰改立西魏文帝，定都長安。北魏於534年分裂成東魏及西魏。
538年河橋之戰後，洛陽成為東西魏的邊境。宇文泰所控制的西魏，在八柱國（八柱國中，李虎為唐高祖李淵祖父，李弼是瓦崗軍首領李密的曾祖父，獨孤信為隋文帝楊堅的岳父、李淵外祖父）等將領協助下，有效地抵抗東魏的多次進攻，鞏固西魏局勢。
在東魏在多次進攻後皆失利後，雙方的對峙至此已定。而宇文泰推行「六條詔書」，建立關中本位政策使胡漢將領同心協力，融合鮮卑及漢文化以消除胡漢隔閡。
胡漢關隴集團指的是出身北魏六鎮軍人，特別是武川鎮（今內蒙古武川縣），在北魏分裂後加入宇文泰（同樣是出身武川鎮）控制的關中陣營，並與關中漢世族聯合起來組成的西魏陣營。胡漢混血（漢姓，鮮卑姓並存）、文武合一是其特色。
握有西魏實權且建立北周王朝的宇文氏、建立隋朝的楊氏、建立唐朝的李氏，都是屬於這個集團，並一直以長安為中心建立北周、隋、唐皇朝。
高歡出身懷朔鎮，生長在敕勒川（今內蒙古一帶）。549年高歡帶兵十餘萬，圍攻西魏於玉璧城（今山西運城市附近），高歡連續攻擊多天而不能克，東魏軍死傷七萬多人，士氣低落，高歡本人也患病，軍中傳言高歡已經病死。高歡抱病巡視，看到軍心不振。
為鼓舞士氣，高歡大宴將士們，酒宴之上用雄渾的歌聲唱出：敕勒川，陰山下，天似穹廬，籠蓋四野。天蒼蒼，野茫茫，風吹草低見牛羊。這首北朝民歌是由鮮卑語譯成漢語的，也是高歡的絕唱。
北周北齊對峙、周武帝 550-578
東魏及西魏表面上由拓跋氏後裔所繼承，實際上分別由高歡及宇文泰控制。所以在十餘年後分別篡奪，形成北齊與北周的對峙。
550年高歡子高洋建國北齊，北齊繼承東魏疆域。高洋先後擊敗庫莫奚、契丹、柔然等族。並攻下南朝梁的淮南地區。然而高洋在位後期荒淫殘暴，並為了維護鮮卑貴族利益，屠殺漢人世族。北齊對人民的壓迫更重，使得北齊國勢衰落。
《魏書》是魏收修寫的一本史書，記載了四世紀末至六世紀中葉的北魏王朝歷史。魏收（507-572年）是北齊的史官，所以此書以東魏北齊為正統，不為西魏三帝立紀，稱南朝為島夷。但它仍是今天研究北魏歷史的重要文獻。
556年宇文泰去世後，其侄宇文護專政。他廢西魏恭帝，建國北周繼承西魏疆域，立宇文泰子宇文覺為北周孝閔帝。
周孝閔帝意圖聯合八柱國趙貴、獨孤信剷除宇文護。然而被其發現，趙及獨孤二人被殺，周孝閔帝於隔年被先廢後殺。宇文護改立宇文毓為周明帝，於560年又毒死周明帝，改立宇文泰第四子宇文邕為帝。
560年宇文邕18歲即位，即周武帝。因其兄弟先後被宇文護所殺，為免自身也遭殺身之禍，對宇文護表示恭敬，讓他主理國家大事，以靜待時機。周武帝不甘做傀儡，最終於572年殺死宇文護，改元建德，開始親政並實現其政治抱負。
周武帝極力擺脫鮮卑舊俗並接受漢文化，且自己也整頓吏治，使北周政治清明，百姓生活安定，國勢強盛。他的漢文化政策為日後楊堅的漢族大一統王朝奠定基礎。
周武帝從天和四年（569年）在經過八次三教（儒道佛）論談之後，於建德三年（574年）下令毀佛，在這次運動中，佛像全都被毀，寺廟被收為國有，寺僧均被勒令還俗。由於三教論談開始後，佛道論爭過於激烈，無法達成「齊一」的目的，最終促成毀佛之舉。
南北朝時代佛教蓬勃發展的同時，造成許多嚴重的社會問題。大量的寺院積累了大量財富，逐漸形成與朝廷分庭抗議的新政治力量。經過周武帝的滅佛運動，一方面迫使源自印度的佛教積極漢化，在儒教的思想基礎上發展出中土佛教。
575年周武帝出兵大舉進攻腐朽的北齊，並於建德六年（577年）破北齊於鄴城，已禪讓的後主高緯用其子高恆送傳國玉璽與任城王高湝，欲禪之位，但途中被北周軍所俘。
周武帝在統一華北後，獲得李德林等關東世族（出身趙郡李氏）的歸附，亦於北齊境內實施毀佛，此時整個北方皆在毀佛的的籠罩下。
578年改元宣政，周武帝立即南征，控制了雲南地區為日後統一南北奠定了基礎。此時南陳政權岌岌可危，但可惜周武帝於同年逝世，而後北周發生內亂，他只差一步就可以統一全國。
他曾對其繼承人、教而不善的太子宇文贇（後來的周宣帝）多次威脅要廢去其太子地位，但最後都沒有實行。宣帝繼位後荒淫無度，讓北周由盛轉衰，三年後被外戚楊堅滅亡。
南朝宋 420-479
劉裕稱帝之後，還殺掉了東晉恭帝，此行開啟了前朝遜位之主不得善終之先（新朝王莽之於西漢孺子嬰、曹魏文帝曹丕之於東漢獻帝、晉武帝司馬炎之於曹魏元帝，都沒有加害前朝末主）。之後南朝末主除了陳後主非遭逢篡位外，全都俱被新立的政權所殺。
宋武帝出身於寒族軍旅，稱帝後仍力行節儉，一時政風甚佳。他察覺當時世族權勢盛重，君主威權移墜，所以在朝政上重用寒族掌握機要。整個南朝軍權重鎮則託付給宗室皇族，宗室掌握軍權，皇帝與宗室之間發生多次骨肉相殘的慘劇。
但相對於北朝戰爭不斷、各階級對立的局勢，經濟持續成長的南朝比較穩定，出現元嘉之治、永明之治與天監之治等治世。南朝皇族主要出身於寒門或庶族，雖然皇帝仍然需要世族的擁護，不過也扶持寒門以平衡政治勢力，並且在南朝梁時萌芽出科舉制度。
陸修靜，南朝時著名天師道道士。宋文帝元嘉年間（424-452年）請他講經說法。宋明帝泰始三年（467年）被皇帝召到建康，在北郊天印山築館住下。陸修靜積極收集整理道經，並對江南天師道組織進行整頓和改造。
471年陸修靜編的道教《三洞經書目錄》，收集歷代道家著作，不僅包括哲學和道家理論，而且包括煉丹、養生、治病、氣功等方面的著作。
《後漢書》是記載東漢歷史的紀傳體史書，由劉宋時范曄（398-445年）所著，記載了從光武帝稱帝（25年）起至漢獻帝禪讓（220年）的195年歷史。他寫此書是為了「欲因事就卷內發論，以正一代得失。」此書綜合當時流傳的七部後漢史料，簡明周詳，敘事生動，故取代以前各家的後漢史為正史。
453年宋文帝被太子劉邵所殺，三子劉駿趁機率軍奪位，即宋孝武帝。當時傳到北魏的民謠說：「遙望建康城，小江逆流縈，前見子殺父，後見弟殺兄」。其子前廢帝繼立後又大殺宗室，後為湘東王劉彧所殺，是為宋明帝。然而他因得位不正，所以更是大殺宗室。其子後廢帝繼立後政局動盪，將軍蕭道成漸漸掌握軍權。477年後廢帝被殺後，蕭道成擁立宋順帝，獨攬朝政。
479年宋順帝劉準把帝位禪讓給蕭道成，宋被南朝齊所取代。同年五月，監視劉準的兵士聽得門外馬蹄聲雜亂，以為發生了變亂，便殺害劉準，年11歲。
帝收淚謂敬則曰：「欲見殺乎？」敬則曰：「出居別宮耳。官先取司馬家亦然。」帝泣而彈指曰：「願後身世世勿復生天王家！」宮中皆哭。－《資治通鑑卷第一百三十五》
南朝齊 479-502
沈約（441-513年），出自吳興郡（今浙江湖州市）沈氏，其父沈璞在元嘉末年皇族爭位時，因忠於太子劉劭，被起兵討逆的宋孝武帝誅殺。沈約擅長詩文，仕劉宋、蕭齊、蕭梁三朝，許多重要制詔都是出自他的手筆。
沈約從20餘歲時開始，歷時20餘年，撰成《晉書》120卷，為十八家晉史之一。十八家晉史是唐代官修《晉書》之前流行的十八種晉代斷代史書的總稱。除此之外，兩晉南北朝的三百餘年間，還出現了不少記載晉代及十六國歷史的雜史、霸史、雜傳、起居注。
唐貞觀年間房玄齡監修的《晉書》行世後，諸家晉史逐漸亡佚，至南宋失傳。
齊高帝屬於蘭陵蕭氏的次等世族，原本地位不高，所以稱帝後曾說自己原來是「布衣素族」，為政節儉，在位四年去世。太子賾繼立為齊武帝，齊武帝為政清明，與北魏無戰事，安民保境，史稱永明之治（482-493年）。
沈約在永明五年（487年）奉詔撰《宋書》，記載了南朝劉宋政權60年的史事。
齊武帝去世後，繼立的皇太孫蕭昭業奢侈荒戲，國政由輔政大臣蕭鸞掌握。蕭鸞殺蕭昭業後改立其弟蕭昭文，不久廢帝自立為齊明帝。齊明帝大殺宗室諸王，他去世後由太子蕭寶卷繼立。他狠辣剛暴，激起各地方鎮叛亂。亂事平定後，他又殺平亂有功的尚書令蕭懿。
501年蕭懿之弟雍州刺史蕭衍宣布舉兵，在江陵立其弟寶融為帝，是為齊和帝。在攻入建康後，次年蕭衍篡位，建國南朝梁，史稱梁武帝，南朝齊亡。
南朝梁 502-557
南朝宋、齊、梁、陳皆以建康城為都，加之東吳、東晉首都，所以南京亦稱六朝古都。六朝時的建康相當繁盛，據說梁武帝時城中戶口達到28萬戶，是南京歷史上的第一個高峰。
梁武帝為蘭陵蕭氏的旁支，為人節儉，勤政愛民。使得梁朝前期開創出天監之治（502-519年），國力勝過逐漸混亂的北魏。鑑於宋齊宗室的屠殺，梁武帝對其宗室十分寬容，即使犯罪也不追究。他學問淵博，提倡學術發展，使得南朝的文化發展至極致。
蕭子顯（487-537年），南齊宗室，齊高帝蕭道成孫。天監年間蕭子顯自告奮勇撰寫《齊史》。經過幾年的努力，《南齊書》成上奏，梁武帝下詔付秘閣收藏。蕭子顯對南齊政權有所庇護，但《南齊書》還是保留了較多原始資料。
然而在梁武帝後期，他喜聽人奉承，又迷信佛教，三次捨身同泰寺。由於僧侶道士不用賦稅，以致近一半的戶口記名其下，國家財政蒙受重大損失。
太清二年（548年）東魏大將侯景投奔，梁武帝任用他北伐東魏。但在梁軍戰敗後，梁武帝意圖送還侯景以求和。他得知後八月在壽陽（今安徽壽縣）起兵反梁，南攻建康。
549年侯景圍攻建康，梁武帝退至台城（今南京玄武湖南）。各地雖有勤王之師，但皆觀望，坐視不理。三月攻陷建康城，蕭家宗室、世族琅琊王氏、陳郡謝氏皆遭血洗，史稱侯景之亂，為江南門閥帶來了滅頂之災。九月梁武帝最後被軟禁餓死。
侯景立皇太子蕭綱（梁武帝第三子）為傀儡簡文帝，把持朝政。同時，南梁地方勢力彼此也互相攻伐及求援於北齊、西魏；兩者相繼乘機奪取淮南和西南大片土地。
梁武帝第七子湘東王蕭繹攻殺河東王蕭譽（第一任昭明太子蕭統第二子），迫使其弟岳陽王蕭詧以襄陽降西魏，受封梁王；梁武帝第六子邵陵王蕭綸降北齊，亦受封梁王，遭蕭繹、侯景打擊；梁武帝幼子武陵王蕭紀據益州稱帝。其他地方勢力亦有被侯景所滅者。
侯景之亂造成江漢平原以東的長江下游地區：「千里絕煙，人跡罕見，白骨成聚，如丘隴焉」。自東吳開發以來得到的經濟成果在歷時三年零八個月的戰亂中化為烏有。
552年蕭繹命竟陵太守（今湖北鍾祥）王僧辯與番禺太守（今廣州番禺）陳霸先（南方吳人）會合，東下進攻盤據建康已四年之久的侯景，侯景戰敗而逃，被部下所殺。
蕭繹在江陵稱帝，史稱梁元帝，沒有還都建康。而一直流轉在南朝建康城的傳國玉璽已被侯景部將帶到北齊。
554年蕭詧（昭明太子第三子）引西魏兵南下攻佔當時的梁朝國都江陵，殺死梁元帝。西魏權臣宇文泰把江陵給蕭詧，但他原來的地盤雍州（今湖北襄陽）已被西魏占領。蕭詧得到的只是一座殘存的江陵城。
蕭詧只好受宇文泰的擺弄。555年初蕭詧在江陵稱帝，史稱西梁（555-587年），為西魏、北周支持下殘存的政權。
南朝陳 557-589
552年陳霸先因功授征虜將軍、封司空，領揚州刺史，鎮京口（今江蘇鎮江）。
554年梁元帝被殺，555年陳霸先擁立晉安王蕭方智以太宰承制於建康。同年王僧辯迎立北齊扶植的蕭淵明為梁帝。陳霸先遂誅王僧辯，後擊退北齊的南下侵略，剷平了王僧辯餘黨的反抗，晉封陳公。陳霸先於557年篡位，建國南朝陳，史稱陳武帝。
真諦（499-569年）: 中國佛教史上的四大翻譯家之一，西印度優禪尼婆羅門族。由梁武帝禮請，梁武帝大同元年（546）攜經典抵南海郡（廣東省南部）。隨即北上，沿途停留，歷時二年，太清二年（548年）才到達建業（南京），梁武帝對師恭敬禮遇，竭誠供養。
但不久卻發生侯景之亂，梁武帝駕崩。真諦的譯經大願受到挫折，於是向東去富春（浙江富陽縣），在這一段動盪不安的歲月裡，他輾轉遊化於江蘇、浙江、江西、廣東、福建等地，棲無定所，卻仍隨緣翻譯經典和宣說佛法，甚至撰述疏文解釋經論法義。
晚年（562年）因感慨「弘法非時，有阻來意」，於是坐船欲西返印度，但卻被風浪所阻，又漂回廣州。他深刻體驗到業緣所繫，於是斷絕西歸的念頭，決心留在中土弘法利生。當時，廣州刺史歐陽頠迎請師住制旨寺，為菩薩戒師，並請師譯經。
陳武帝死後其姪陳蒨繼位，即陳文帝。陳文帝在位時期（559-566年），復甦江南經濟，使國勢恢復。文帝去世後由太子伯宗繼位。不久，其叔安成王廢帝自立(陳宣帝)。當時北周意圖滅北齊，邀南朝陳共伐北齊。陳宣帝為收復淮南而同意，兩年後收復淮南。
北周攻滅北齊後，在577年南征陳奪兩淮，陳軍慘敗，南朝陳岌岌可危。然而北周武帝突然去世，而權臣楊堅準備篡位，北周遂無意繼續南征。
楊堅在建立隋朝後582年南朝陳叔寶繼位，即陳後主。他荒淫奢侈，致國政大亂，當時官吏剝削嚴重，人民苦不堪言。588年隋文帝任楊廣為主將，發動隋滅陳之戰。陳叔寶恃長江天險，照常歌舞。隔年，隋軍攻入建康，陳叔寶與愛妃張麗華、孔貴人避入井中後被俘。
隋軍之後將建康城全部平毀為農田，僅在石頭城設蔣州，南京歷史上的第一次繁榮到此結束。
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